Верхний пруд имеет искусственное происхождение. Пруд был создан в 1270 году, когда рыцари Тевтонского ордена из расположенного рядом замка Кёнигсберг запрудили земляной дамбой речку-приток Преголи. Пруд использовался для разведения рыбы.

Верхний пруд является вторым по старости рукотворным сооружением Калининграда, сохранившимся до наших пор. Старше только Нижний пруд, созданный в 1256 году. Вплоть до начала XX века Верхний пруд практически полностью находился за пределами города. Кольцо городских оборонительных сооружений проходило вдоль южного берега пруда. В начале XX века старые оборонительные сооружения утратили военное значение, были выкуплены городом и частично снесены. Город стал расти за пределы старых границ. Рядом с озером был построен новый престижный район вилл Марауненхоф. Само озеро превратилось в место отдыха горожан. Его дно выстлали толстым слоем морского песка. На берегах были устроены купальни, кафе, рестораны, причалы для прогулочных лодок.

Берега озера были украшены скульптурами и памятниками. На западном берегу в 1913 году была установлена группа из четырёх скульптур морских животных: моржа, морского слона морской собаки и морского льва. До наших дней сохранилось только две скульптуры.

После войны пруд был местом купания и рыбной ловли.

В настоящее время в комплексе с благоустройством парка «Юность» проводится работа по реконструкции берегов пруда.