Нижний пруд имеет искусственное происхождение. Пруд был создан в 1256 году, когда рыцари Тевтонского ордена из расположенного рядом замка Кенигсберг запрудили земляной дамбой речку-приток Преголи. Вода пруда использовалась для наполнения рвов замка, на пруду также была устроена водяная мельница, в связи с чем первоначально пруд назывался мельничным.

Нижний пруд является самым старым рукотворным сооружением Калининграда, сохранившимся до наших пор. В Средних веках пруд использовался для водоснабжения города. Но постепенно пруд оброс разными постройками, жители стали выбрасывать в него мусор и нечистоты, из-за чего пруд постепенно превратился в рассадник заразных болезней. Город не мог изменить ситуацию, так как пруд и прилегающая территория были королевской собственностью, а королевскую власть в Берлине мало интересовали санитарные проблемы Кёнигсберга. Только в 1810 году город смог выкупить пруд.

Хотя в XIX были проекты ликвидации пруда, город решил сохранить пруд, превратив его в рекреационную зону. Примыкавшие к пруду строения постепенно сносились, в начале XX века вдоль берегов пруда были проложены променады. К 1930 году был достроен водный каскад от Верхнего к Нижнему пруду.

После войны пруд был переименован из Замкового в Нижний (очевидно, по отношению к Верхнему пруду), хотя ещё до пятидесятых годов в разговорной речи пруд продолжали называть Замковым или Королевским. В восьмидесятых годах территория вокруг пруда была облагорожена. В 1983 году на месте старого моста, уничтоженного во время войны, был выстроен новый. Несколько позднее ещё один пешеходный мост был выстроен несколько севернее. На берегах и в непосредственной близости от пруда расположены Калининградский обласной историко-художественный музей, Дом творчества, калининградский телецентр, памятник Александру Маринеско. План реконструкции центра Калининграда предусматривает строительство Музыкального театра на берегу Нижнего пруда.